La méthodologie de recherche adoptée dans le projet GingKo s’appuie sur une démarche inter/transdisciplinaire combinant les sciences sociales, telles que l'économie institutionnelle, l'histoire contemporaine, la géographie sociale, le droit, ainsi que les sciences biotechniques, telles que l'agronomie, sciences animales ou sciences de l’alimentation. Le projet de recherche GingKo s’organise autour de 4 axes de recherches :

WP1. «Écosystèmes de connaissances et Modèles d'action collective et de régulation des indications géographiques en France et en Europe » analysera la diversité des modèles d'action collective et de régulation soutenant les IG en France et en Europe, avec un focus particulier sur le rôle de l'INAO et des systèmes de certification par tierce partie dans ces dynamiques de transition agroécologiques.

WP2 : « Transitions agroécologiques et stratégies de durabilité des IG : concepts, méthodes et études de cas ». L’analyse s’appuiera sur la réalisation d’une trentaine d’études de cas (2 à 3 pour chaque équipe de recherche) couvrant divers agroécosystèmes avec des conditions pédoclimatiques différentes en France et à l'étranger, et de production (vigne, fruits et légumes, élevage (volaille, ovin, caprin, bovin, production laitière..) pour étudier la nature des stratégies agro-écologiques et des trajectoires de transitions adoptées par les acteurs en réponse aux évolutions des demandes des consommateurs, de la réglementation ou aux changements environnementaux globaux. ​​

 WP3 : « Typologie des trajectoires de transition des IG et de leurs déterminants territoriaux et juridiques ou réglementaires ». En s’appuyant sur les études de cas et l’analyse des évolutions institutionnelles et réglementaires, une typologie des trajectoires de transition et des scénarios explicatifs sera réalisée en tenant compte des déterminants territoriaux et juridiques (propriété intellectuelle, documents de planification, gestion du foncier, protection du paysage, infrastructures agroécologiques, etc), ainsi que des dynamiques locales d’adaptation et d’innovation mises en œuvre par les acteurs, au niveau individuel ou collectif, et les mécanismes de gouvernance associés pour faire évoluer leurs pratiques et leurs systèmes de production, de transformation ou de commercialisation.

WP4: 'Synthèse et diffusion'. Cet axe  synthétisera les résultats, avec l'objectif de contribuer aux débats politiques actuels en France, mais aussi au niveau européen et international à travers le groupe d’experts FAO/OriGin («Sustainability Strategies of geographical indications »).